表記の使い分けに明確な違いはありません。
あとは表記する人それぞれの感覚・あるいは・意識によって変わります。
とはいえ，だいたいの基準はあります。
まず「戦争」です。
これは“国家または交戦団体が兵器を使用しておこなう戦闘行為”のことです。
明治後期以降においては国際法で決められたルールにのっとった戦闘行為（宣戦布告をおこなう）が「戦争」と呼ばれ（日清戦争や日露戦争など），
宣戦布告なしにおこなわれた場合は，戦争に準ずるものとして「事変」と称されます（満州事変や支那事変など）。
ただし，
宣戦布告がなくとも実質的には戦争と同じだとの判断から「戦争」との呼称が用いられる場合もあります（支那事変を日中戦争と表記
）。
また，
明治前期以前においては対外的な戦闘行為・武力行使や国内での内乱（いくつかの戦闘行為が連続しているもの）を指して「戦争」と呼びます（薩英戦争，石山戦争，戊辰戦争，西南戦争など）。
ただし，
「征伐（征討）」「役」「出兵」「合戦」「戦（戦い）」「乱」「事件」などの呼称も戦闘行為をあらわす表記として使われます。
「征伐（征討）」は“政府に背いたものを懲らしめる”という意味をこめた表記ですが（長州征伐など），
征伐（征討）の対象は“悪者”との価値判断が含まれます。
そこで，
たとえば長州征伐は，そうした価値判断を排除したうえで，幕府と長州藩のあいだでの戦闘行為である点を明確化するために“幕長戦争”と表記されることがあります。
「役」は他国との戦争（明治前期よりも以前に限定）や辺境（周縁地域）での戦争に対して使われます（文永・弘安の役，文禄・慶長の役，征台の役（＝台湾出兵），前九年の役，後三年の役など）。
「出兵」は文字どおり“他国へ兵を出す”ことで，
朝鮮出兵，台湾出兵，シベリア出兵，山東出兵で用いられます。
「合戦」と「戦（戦い）」は“局地的な”戦闘行為をあらわすのに用いられることが多く（石山戦争＝石山合戦は例外か？），
「乱」は政府・現政権に対する“反乱”や“武力による抵抗”という意味合いで用いられます（たとえば壬申の乱は大海人皇子による近江朝廷への反乱ですね）。
「事件」は戦闘行為を伴わない出来事の呼称としても用いられますが，
戦闘行為を伴ったり，武力が使用された出来事をさす場合に使われることもあります（特に江戸幕末期以降に多い）。
単発的な出来事に対して用いられることが多いのですが（四国艦隊下関砲撃事件や満州某重大事件・ノモンハン事件など），
長期にわたる戦闘行為（「戦争」）のなかの局地的な出来事であっても“謀略的”あるいは“偶発的”であれば「事件」という呼称が用いられます（柳条湖事件や盧溝橋事件）。
また，
「〜の変」という表記もあります。
これは“政治的な陰謀・政変”や“政権担当者側が不意に襲われた場合”に使われます。
後者では武力が用いられることもありますが，
本能寺の変や桜田門外の変・坂下門外の変・紀尾井坂の変などがそれにあたります。
ただし，
両者に該当せず，戦闘行為が伴っていたとしても「〜の変」と表記されるものもあります。
薬子の変と元弘の変がその代表です。
“天皇・上皇が乱＝反乱を起こす道理がない”という立場（必ずしもそんなことはない）から「〜の変」（つまり単なる“政治的な陰謀・政変”）と表記されるわけですが，
薬子の変は平城上皇による嵯峨天皇に対する反乱なので“平城上皇の乱”，
元弘の変は後醍醐天皇による鎌倉幕府に対する「謀叛」（当時の史料にはこのように表記されている）＝反乱なので“元弘の乱”と表記することもあります。
ちなみに，承久の乱は大正期ころからは“承久の変”と表記されることが多くなっていました。
おおよそ以上のような基準があるのですが，
実際はけっこう曖昧なまま使われています。
慣例としての表記でしかない場合が多いというわけです。
[2000.2.9]